Kun tomaatinruskea ruosihedelmävirus tartuttaa tomaatti- ja pippurikasveja ympäri maailmaa, siemenyhtiöt työskentelevät vastustuskykyisen tomaatin jalostamiseksi.
Rikkaat geneettiset ja genomiset resurssit olivat tomaattikasvattajien käytettävissä jo ennen tomaatin genomisen sekvensointiprojektin alkua. Suuria tomaatin itusplasmakokoelmia on jo kauan perustettu useisiin paikkoihin. Yli 75,000 XNUMX tomaattiliittymää on säilynyt genepankeissa ympäri maailmaa. Yksi suurimmista on USDA: n genebank Genevessä, NY.
Tomaatin genomin sekvensointi aloitettiin vuonna 2005 monikansallisena pyrkimyksenä 14 maan välillä ja saatiin päätökseen vuonna 2012. Näitä pyrkimyksiä on nopeutettu huomattavasti tekoälyn, koneoppimisen ja edistyneiden algoritmien avulla suurien määrien geneettisten ja fenotyyppisten tietojen analysointiin.
Tomaatti Pan-Genome
Boyce Thompson -instituutin tutkijat vuonna 2020 loivat korkealaatuisen vertailugeenin villitomaateille täydellisemmän ja hyödyllisemmän tomaattipanogeenin tuottamiseksi. He löysivät genomin osia, jotka ovat hedelmien maun, koon ja kypsymisen, stressin sietokyvyn ja tautiresistenssin taustalla. Osittain huippuluokan sekvensointitekniikoiden ansiosta, jotka pystyvät lukemaan hyvin pitkiä DNA-kappaleita, vertailugeeni on täydellisempi ja tarkempi kuin nykyinen tietokanta.
Vanhemmat sekvensointitekniikat, jotka lukevat lyhyempiä DNA-kappaleita, tunnistavat mutaatiot yhden emäksen tasolla. Ne eivät kuitenkaan ole hyviä löytämään rakennevaihtoehtoja, kuten insertioita, deleetioita, inversioita tai päällekkäisyyksiä suurista DNA-paloista.
Vuonna 2019 kansainvälinen tutkijaryhmä rakensi tomaattipanogeenin käyttämällä 725 filogeneettisesti ja maantieteellisesti edustavan lajikkeen genomisekvenssejä. Tämä tietokanta sisältää 4,873 geeniä, joita ei löydy alkuperäisestä vertailugeenistä. Nykyiset / puuttuvat variaatioanalyysit paljastivat huomattavan geenihäviön ja voimakkaan negatiivisen geeni- ja promoottorivalinnan tomaatin kesyttämisen ja parantamisen aikana.
Lue koko artikkeli osoitteessa www.seedworld.com.